تقريبا جميع أنواع العمليات الجراحية لها عوامل مخاطر بشكل أو بآخر.

هذا ينطبق على جراحة تحويل مسار المعدة أيضا. لديها نصيبها العادل من المخاطر أيضا. ومع ذلك ، فإن الشخص الذي يعاني من زيادة الوزن بشكل كبير يواجه خطرًا أكبر عندما يخضع لجراحة تحويل مسار المعدة . المخاطر أعلى بالنسبة لمثل هؤلاء المرضى مما هي بالنسبة لشخص لديه وزن طبيعي للجسم. مخاطر جراحة تحويل مسار المعدة هي أساسا بسبب المضاعفات التي تنشأ أثناء العملية الجراحية.

يمكن أن تخرج الأمور عن السيطرة ، مما يخلق مشاكل خطيرة - غالباً بدون سبب طبي جيد. وجود عملية في البطن يضع الكثير من الضغط على الجسم. يخلق جرحًا مفتوحًا يمكن أن ينزف أو يفشل في الشفاء او حتى يأخذ وقتا طويلا حتى يلتأم. هذا قد يفسح المجال للعدوى والاصابة بالبكتيريا وتلوث الجرح . يمكن أن يكون رد فعل الجسم في حالات الطوارئ للإصابة في حد ذاته ضارًا. قد يسبب تفاعلات مثل زيادة تجلط الدم الذي يمكن أن يؤدي إلى انسداد رئوي مميت. المخاطر التي يواجهها المرضى الذين يخضعون لجراحة تجويل مسار المعدة هي من نوعين. الأول هو المخاطر التي تحدث أثناء العملية أو فترة التعافى .

وتشمل هذه المشاكل الرئوية مثل الالتهاب الرئوي ، همود الرئة ، والانصمام الرئوي. المشاكل الأخرى الشائعة هي الخراج والجروح والتهابات المسالك البولية والنزيف بسبب تأثير الهيبارين أو النزف وعرقلة أو تسرب فى الأمعاء. بما أنه قد يلزم نقل الدم ، فقد يكتسب بعض المرضى أمراض تنتقل عن طريق الدم ، مثل الإيدز. في بعض الحالات ، تشاهد أيضا المشاكل الغذائية المزمنة بسبب نقص الفيتامينات والمعادن أو البروتين.

هذه المخاطر جزء من عملية الجراحة وقد تحدث في أي إجراء جراحي تقريبًا. النوع الثاني من المخاطر ينطوي على آثار جانبية للإجراء الجراحي نفسه. قد تشمل هذه الغثيان ، وتغيير عادات الأمعاء ، وفقدان الشعر بشكل مؤقت وفقدان كتلة العضلات. وينظر أيضا في بعض الحالات إلى عدم التسامح مع المواد الغذائية مثل اللحوم الحمراء والسكر والحليب ومنتجات الألبان. على الرغم من أنها أقل خطورة من المضاعفات الجراحية ، إلا أنها قد تكون دائمة ، وقد تتطلب تغييرًا في نمط الحياة ، لتجنب استمرار عدم الراحة. يعتبر هذا النوع من الجراحة هو اقل فى المضاعفات مقارنة بجراحة تكميم المعدة ، لذلك عليك اختيار الطبيب الجيد قبل اجراء هذا النوع من الجراحة